O iogurte é um produto obtido por fermentação láctica que possui uma grande aceitação pela população. Visando agregar um valor funcional a esse alimento, o trabalho teve como objetivo a elaboração e a caracterização físico-química de três formulações de iogurte de goiaba e beterraba enriquecido com frutooligossacarídeo (FOS). Foram elaboradas três formulações com proporções diferentes de FOS, formulação A (sem adição de FOS); formulação B (5g de FOS/porção) e formulação C (10g de FOS/porção). Após elaboração, os produtos foram caracterizados físico-quimicamente através das seguintes análises: acidez, cinzas, umidade, pH, proteínas, lipídeos e carboidratos. Os resultados físico-químicos indicaram que o teor de acidez (1,00 a 0,94%), umidade (78,16 a 76,6%) e carboidratos (14,41 a 12,45%) não apresentaram diferenças estatísticas entre as três formulações. O uso de prebióticos em iogurtes, aliado à utilização de frutas e hortaliças de baixo custo e elevado valor nutricional, como a goiaba e a beterraba, faz com que este tipo de produto agregue valor ao mercado consumidor como uma nova opção de alimento funcional.